Tại sao con người có quá ít gen?
Theo như sự suy đoán cổ điển vốn có từ khoảng một thập kỷ trước thì con người có khoảng 100.000 gen tiến hành vô số những phản ứng trong tế bào tạo nên chức năng sinh học của cơ thể. Nhưng đến nay thực sự hóa ra rằng chúng ta chỉ có khoảng 25.000 gene, gần bằng số lượng gen của loài hiển hoa tí hơn Arabidopsis và chỉ nhỉnh hơn một chút so với loài giun tròn Caenorhabditis elegans.
Điều ngạc nhiên này đã củng cố thêm một nhận thức mới đang hình thành nơi các nhà di truyền học: bộ gen của chúng ta và một số loài thú có vú khác khá là linh động và phức tạp hơn người ta tưởng. Thậm chí học thuyết cơ bản nhất trong lĩnh vực di truyền một gen/một protein cũng đã phải nhường chỗ cho học thuyết mới chính xác hơn và phổ quát hơn: nhiều gen mà mỗi gen có thể tạo ra nhiều hơn một protein. Thậm chí khi tìm hiểu các vấn để làm thế nào, ở đâu và khi nào mà các gen được biểu hiện người ta nhận thấy quá trình tham gia điều khiển sự biểu hiện gen không chỉ gói gọn ở các yếu tố ngoại lai như các protein điều hòa mà thậm chí chính bản thân genome cũng tự điều khiển nó thông qua các vùng DNA không mã hóa hay những biến đổi về mặt cấu trúc và hóa học của chính genome. Do đó một trong những thách thức lớn nhất của các nhà sinh học hiện đại hiện nay đó là làm sao chỉ ra cho được làm thế nào tất cả các yếu tố này cùng hợp tác làm việc với nhau để dàn dựng vở kịch có tên gọi“biểu hiện gen”.
Để giải thích vì sao bộ gen người có thể đạt được mức độ phức tạp đáng kinh ngạc với một số lượng gene không nhiều, người ta cho rằng hiện tượng “cắt nối lắp ghép khác biệt”đóng vai trò gần như quan trọng nhất. Bộ gen người chứa cả hai vùng: vùng mã hóa DNA mã hóa - gọi là exon - và vùng DNA không mã hóa. Ở nhiều gen khác, quá trình kết hợp của những exon khác nhau có thể diễn ra ở từng thời điểm khác nhau và từng sự kết hợp này cho ra từng protein khác nhau. Thật sự, vào lúc đầu khi vừa khám phá ra quá trình ghép nối khác biệt, các nhà sinh học cho rằng đây là một “hiện tượng bất thường” trong suốt quá trình phiên mã, nhưng đến nay các nhà nghiên cứu đều thống nhất kết luận rằng hiện tượng này diễn ra ở phân nữa - thậm chí một số còn cho rằng ở hầu hết - gen của chúng ta. Việc tìm ta cơ chế ghép nối khác biệt giúp giải thích làm thế nào mà chỉ với một số lượng gen khiêm tốn lại có thể tạo ra hàng trăm ngàn protein khác nhau. Tuy nhiên điều được coi là bí ẩn vẫn còn chờ câu giải đáp đó là làm thế nào bộ máy phiên mã quyết định phần nào của gen sẽ được đọc tại một điểm thời gian nào đó?
Ngoài cơ chế ghép nối khác biệt mà các nhà nghiên cứu dùng để giải thích hiện tượng một gen/nhiều protein, một số cơ chế khác cũng được quan tâm. Theo đó, các nhà nghiên cứu chú ý một điểm lý thú rằng để gen có thể thực hiện tốt chức năng của nó ở một điểm thời gian, không gian nào đó nó cần đến hằng trăm trợ tá phụ trợ cho công việc được giao phó. Những trợ tá tham gia bao gồm các protein có chức năng tắt hay mở một gen một cách gián tiếp bằng cách, ví dụ, thêm nhóm methyl hay acetyl vào DNA. Nhóm protein khác tương tác với gen một cách trực tiếp hơn như là nhóm các yếu tố điều hòa phiên mã: chúng đổ bộ và chiếm đóng những vị trí nằm gần gen mà chúng sẽ tham gia điều khiển. Cũng như cơ chế ghép nối khác biệt, những yếu tố điều hòa phiên mã khác nhau có thể gắn lên những điểm tập kết khác nhau để điều khiển sự biểu hiện gene một cách tinh tế. Đến đây một thách thức nữa là các nhà sinh học phải chỉ ra được làm thế nào những protein tham gia điều hòa dù ở quy mô gián tiếp hay trực tiếp có thể phối hợp nhịp nhàng trong một hệ thống đầy phức tạp cũng như sự tương quan giữa những protein điều hòa với cơ chế ghép nối khác biệt đã đề cập ở trên. 
