Theo Nguyễn Hiến Lê, những nhà quyên tiền nhiều nhất là hiệu kim hoàn Thế Xuân ở Hàng Bạc và hiệu hàng tấm (tơ lụa) Phúc Lợi ở Hàng Ngang. Hồi mới phát động, dân khí đang lên, ai nghe nói giới cựu học và tân học bắt tay nhau mở mang dân trí, chấn hưng đất nước cũng hăm hở kẻ góp công người góp của. Nhưng việc chi tiêu cho Đông Kinh Nghĩa Thục đâu phải nhỏ mà chỉ dựa vào lòng hảo tâm, thành ra không bao lâu, việc tiền bạc trở thành gánh nặng to lớn. Chỉ sau nửa năm hoạt động, bà Lương Văn Can phải bán đi hiệu buôn như phần trên đã nói. Đưa môn kinh tế vào trường
Điều này chính Phan Châu Trinh cũng đã tiên lượng, khi bàn đến việc quyên tiền, ông có nói: “Chúng ta có cái dũng khí độc lập cả ngàn năm rồi, trăm lần bẻ mà không gãy. Tôi có dịp chu du các nơi, những người hưởng ứng có tới số ngàn, chỉ tiếc một điều, người có hằng sản thì không có hằng tâm, người có hằng tâm thì hầu hết là bần sĩ, mỗi khi nghĩ tới việc đó, tôi thường thở dài, biết làm sao đây?”. Trước đó, chính Phan Châu Trinh cũng là người đầu tiên nêu gương chấn hưng thực nghiệp khi cho khai trương Quảng Nam thương hội, mở xưởng dệt rồi may cho mình một bộ Âu phục bằng chính thứ vải tự dệt ấy.
Cho nên mở mang công thương nghiệp lúc đó là vấn đề cấp bách, trước mắt là kiếm tiền trang trải cho Đông Kinh Nghĩa Thục và ủng hộ các học sinh Đông du. Về lâu dài, nó là nền tảng của toàn bộ công cuộc duy tân đất nước.
Những chủ trương phát triển công thương, kỹ nghệ này trước hết được đưa vào trong chương trình học của nhà trường. Sách Quốc dân độc bản, một tài liệu giáo khoa quan trọng của trường, có 79 bài thì có tới 24 bài (từ bài 56 đến bài 79) đề cập trực tiếp đến các vấn đề thuộc về kinh tế, kỹ nghệ. Cho đến nay chưa biết được các soạn giả đã tham khảo các nguồn tài liệu nào để viết về các vấn đề kinh tế học. Theo phỏng đoán có thể họ tham khảo từ các sách Tân văn, Tân thư và Tân báo (từ Trung Quốc, Nhật Bản), các sách báo kinh tế của người Pháp, và từ chính các vấn đề kinh tế nổi cộm đang diễn ra ở Việt Nam lúc đó. Trong các luận điểm về kinh tế mà các soạn giả nêu ra khá nhiều dẫn chứng từ các nước Âu, Mỹ, Trung Quốc, Nhật Bản và Việt Nam.
Khi nhà nho đi buôn
Tiên phong trong việc này ở đất Bắc là ông Đỗ Chân Thiết. Năm 1904, nhân vua Thành Thái ra bái yết lăng tẩm tổ tông ở làng Gia Miêu, Thanh Hoá, Đỗ Chân Thiết cùng Phương Sơn thảo Hưng Quốc sách, nhảy xe lửa vào tận Thanh Hoá định dâng vua, nhưng bị viên tổng đốc Thanh Hoá gàn cản, việc không thành. Hai ông trở về Hà Nội, rủ nhau đi buôn, mướn thuyền về Hải Dương chở gạo lên Hà Nội bán. Thuyền về đậu bến cột Đồng Hồ mấy ngày, dân buôn thấy thuyền của ông Cử, ông Nghè không ai dám tới mua, sau nhờ một bà xuống bán dùm, chỉ nửa buổi đã hết. Sau hai ông gọi thêm vài người đồng chí hùn vốn được vài ngàn bạc, mở hiệu Đồng Lợi Tế ở phố Mã Mây, chuyên bán hàng nội hoá và tiệm thuốc bắc, hiệu Tuỵ Phương gần ga Hàng Cỏ.
Phong trào từ đó lan ra các tỉnh. ông Tùng Hương mở hiệu Phúc Lợi Tế ở Phúc Yên và Hưng Lợi Tế ở Hưng Yên. Ở Việt Trì, ông Nguyễn Trác mở hiệu Sơn Thọ. Hai hiệu Sơn Thọ và Đông Thành Xương có vốn lớn nhất, trang hoàng đẹp, bán nhiều đồ nội hoá như quạt lông, đồ tre đan Đại Đồng Sơn, khai trúc Nghệ An, giày Kinh, lãnh Bưởi, lãnh Sài Gòn…
Nghĩa Thục còn khuyến khích đồng chí lập đồn điền để khuếch trương nông nghiệp. Ông Bùi Đình Tá cùng hùn vốn với người bạn là Phan Tứ, khai phá một đồn điền ở Mỹ Đức, gần chùa Hương. Ông Tá là dân Tây học, đỗ đạt, được bổ thông ngôn rồi thăng tham tá. Chẳng những là người nhiệt tâm dạy giúp Nghĩa Thục từ khi mới mở, ông còn là người lập ra một cô nhi viện đầu tiên ở Việt Nam. Việc ông mở đồn điền ở Mỹ Đức là để có phương tiện nuôi trẻ mồ côi. Trên Yên Bái còn có một đồn điền được khai phá ở Yên Lập, rộng 50 mẫu, khai rừng đốt than và trồng ngô, lúa. Vì đây là vùng rừng âm, nước độc, nhân công từ xuôi lên lần lượt ngã bệnh, rồi cũng phải bỏ dở.
Một việc ít ai biết là những người trong Nghĩa Thục còn có nhiều chuyến sục sạo trên vùng thượng du Bắc Việt và đã tìm được một số mỏ như than, chì, kẽm, lưu huỳnh… Một đoạn ghi chép của Nguyễn Hiến Lê: “Các cụ lên miền rừng núi, hỏi dò thổ dân, thấy chỗ nào nghi có quặng là đem về ít cục đá, đất, giao cho phòng thí nghiệm phân tích sau khi đóng tiền 5 đồng mỗi lần. Nếu phòng thí nghiệm bảo là có quặng, các cụ đóng thêm tiền, đón kỹ sư đến tận nơi xem xét, sau cùng mướn người cắm mốc bốn bên, vẽ bản đồ xin đóng thuế khai mỏ”.
Nói chung, giới nho sĩ chủ trương đều thiếu kinh nghiệm quản trị, thiếu vốn, thiết bị kỹ thuật nên các công trình chỉ để lại tiếng vang, kích thích lòng yêu nước là chính. Tuy nhiên, các cơ sở kinh tế nói trên còn là nơi gặp gỡ thuận tiện để họ bàn bạc chuyện khác, quan trọng và cao cả hơn.
Ông Hoàng Tăng Bí mở hiệu Đông Thành Xương ở Hàng Gai, vừa buôn bán vừa làm công nghệ, lần đầu dùng khung cửi rộng dệt xuyến bông nhuộm đen; chế các loại trà mạn, trà tàu, trà ướp sen. Hiệu Các Thành ở Hàng Gai, hiệu Hồng Tân Hưng ở Hàng Bồ cũng mở vào lúc ấy.