Sự cần thiết phải xây dựng kế hoạch quản lý khu bảo tồn biển Vườn quốc gia Núi Chúa
Việc đánh bắt cá bằng thuốc nổ, xianua và thu nhặt san hô sống để làm hàng lưu niệm, các hoạt động du lịch phát triển tự phát đã diễn ra trong khu vực này và có thể bị coi là những nguyên nhân gây ra suy giảm các rạn san hô ở quy mô địa phương. Sự tiêu diệt san hô bởi Sao biển gai cũng như ô nhiễm môi trường từ đất liền và nuôi tôm có thể gây ra những vấn đề nghiêm trọng đối với các rạn san hô và môi trường biển hiện nay cũng như tương lai. Các hoạt động đánh bắt thuỷ sản từ những thuyền từ ngoài khu vực ngày càng nhiều sẽ làm tăng áp lực đối với môi trường biển do đánh bắt cá quá mức, sử dụng các phương pháp đánh bắt mang tính huỷ diệt và thả neo trên các rạn san hô.
Phần lớn các tàu thuyền khai thác trong khu vực có công suất nhỏ hơn 45 mã lực, và chủ yếu đánh bắt thủy sản trong vùng nước nông không quá 30m. Áp lực từ đánh bắt thuỷ sản ngày càng tăng trong khi sản lượng cá sau mỗi đợt đánh bắt lại giảm. Nhiều thuyền đánh cá từ cá khu lân cận ở cả trong và ngoài tỉnh đều đến đánh bắt ở khu vực, trung bình có 20 - 30 thuyền đánh cá mỗi ngày/đêm trong thời gian từ tháng Tư đến tháng Tám. Lặn ống thở có dùng hoặc không dùng chất độc để khai thác thuỷ sản đã và đang trở nên phổ biến trong khu vực này nhằm bắt cà Mú và Tôm hùm, dẫn tới khai thác quá mức những loài này.
Đánh bắt mực sử dụng ánh sáng huỳnh quang để thu hút mực vào ban đêm. Phương pháp đánh bắt này rất hiệu quả và là nguyên nhân chính dẫn đến suy giảm về lâu dài trữ lượng của cả loài mực này lẫn các loài bị đánh bắt vô tình trong khu vực và đặc biệt là hoạt động đánh bắt cá nhái bằng thuyền tôn công suất lớn, ánh sáng mạnh là nguyên nhân chính dẫn đến việc hạn chế rùa mẹ lên bãi đẻ trứng.
Đánh bắt cá bằng thuốc nổ đã được kiểm soát và có vẻ như đã chấm dứt đượcnhiều năm nhưng bằng chứng của hoạt động đánh bắt này đã được tìm thấy ở một số rạn san hô, đặc biệt là ở Bình Tiên, Mỹ Hoà. Các thông tin từ những ngư dân đại phương cho thấy không ai trong số họ sử dụng thuốc nổ, nhưng hoạt động đánh bắt này vẫn tiếp tục được thực hiện bởi những ngư dân từ nơi khác đến.
Việc ngư dân địa phương sử dụng chất độc để đánh bắt thủy sản đã ngừng hẳn sau nhiều năm. Tuy nhiên, đánh bắt thủy sản bằng xianua vẫn được thực hiện bởi những ngư dân đến từ nơi khác. Sự có mặt của số lượng tương đối lớn Sao biển gai ăn san hô trên các rạn san hô khu vực Bình Tiên (ví dụ như Bãi Rạn và Bãi Bộ đội) đã góp phần làm suy thoái các rạn san hô trong khu vực, và điều này được coi là mối tác động tiềm tàng đến các rạn san hô trong khu vực biển của VQGNC trong tương lai nếu như không có sự quản lý hiệu quả. Bên cạnh những lợi ích thu được từ việc khai thác, sử dụng nguồn lợi biển, các hoạt động của con người đã gây ra rất nhiều tác động đối với tài nguyên và môi trường biển, đặc biệt là vùng ven bờ. Tại đây, chúng ta đang phải đương đầu với những vấn dề về sự suy thoái của nguồn lợi tự nhiên và môi trường.
Để bảo vệ tính đa dạng sinh học và môi trường biển Vườn Quốc gia Núi Chúa nói riêng, vùng biển tỉnh Ninh Thuận nói chung cần có một Kế hoạch quản lý Khu bảo tồn biển hiệu quả, nhằm bảo tồn tính đa dạng sinh học biển tại đây. Trong thời gian tới kế hoạch quản lý đã được tổ tư vấn xây dựng kế hoạch hoàn chỉnh gồm các bên tham gia: Hợp phần LMPA của Bộ Nông nghiệp và PTNT, UBND tỉnh Ninh Thuận, Vườn Quốc gia Núi chúa, Sở Khoa học và Công nghệ, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Tài chính, UBND 02 xã Thanh Hải và Vĩnh Hải sẽ đưa ra hội thảo lấy ý kiến để hoàn thiện và triển khai.
