Theo GS.TSKH Đặng Huy Huỳnh - Chủ tịch Hội Động vật học VN, tính chiến đấu của các bộ trưởng chưa mạnh và chưa có sự phối hợp tốt. Điển hình là bài học nhập phế thải, chủ trương của Bộ TN-MT là không cho nhập nhưng các bộ khác vẫn cho nhập. Hay vấn đề bảo vệ rừng đầu nguồn, sử dụng tài nguyên đất, Bộ NN&PTNT đã đưa ra chủ trương nhưng các bộ vẫn tiến hành xây dựng các công trình thủy lợi thiếu quy hoạch.
Đối với vấn đề quản lý chất thải, các DN vẫn tái phạm là do chúng ta không có chế tài. Do các lãnh đạo bộ không kiểm tra trực tiếp, thanh tra, giám sát yếu nên đã để một số DN lọt lưới không xử lý chất thải.
Còn GS.TS Phạm Ngọc Đăng - Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường Việt Nam đánh giá thẳng thắn công tác bảo vệ môi trường yếu từ Trung ương xuống. Trong báo cáo ba năm thực hiện của Ban Bí thư cho rằng năng lực quản lý môi trường ở cấp tỉnh, huyện và cấp xã kém. Nhưng trên thực tế, các chuyên gia, lãnh đạo ở các tỉnh hiện nay không có đủ vai vế và quyền lực để thực hiện.
Cụ thể là, trong 64 giám đốc sở TN-MT và trưởng phòng môi trường ở tất cả các huyện, xã đều là quản lý nhà đất kiêm môi trường. Hay ở các bộ, vụ phụ trách về vấn đề môi trường đều thuộc Vụ KHCN, do vậy, các cán bộ môi trường cũng không có vai vế và đủ nhân lực để làm.
Sau khi Nghị quyết 41 ra đời, khung bộ máy quản lý môi trường đều có nhưng không có người lãnh đạo đứng đầu được tuyển dụng đúng chuyên ngành môi trường. Ông ví von "Đầu không xuôi thì đuôi không lọt".
Trong khi đó, Phó Chủ nhiệm Ủy ban KHCN &MT Quốc hội Nghiêm Vũ Khải cho rằng công tác bảo vệ môi trường của các địa phương vẫn làm theo kinh nghiệm cũ, tỉnh giao cho huyện, huyện giao cho xã, thực tế không có sự giám sát nên không hiệu quả.
Nặng kinh tế, nhẹ môi trường...
Theo GS.TS Phạm Ngọc Đăng, trong số gần 200 KCN hiện nay, rất nhiều KCN quây hàng rào để không, do vậy sự lãng phí đất đai của nông nghiệp vô cùng lớn gây nên tình trạng nghèo hóa của các vùng nông thôn. Việc phát triển các KCN đã chiếm đất, công cụ làm việc của nông dân, mất đất nhưng chưa tạo ra việc làm mới cho nông dân.
Vấn đề đất nông nghiệp ưu tiên cho việc xây dựng các KCN hiện nay đang được xem quá nhẹ!
Trong một lần kiểm tra một số KCN ở miền Trung, có tỉnh có 10 KCN nhưng chỉ có 2 KCN sử dụng 50% diện tích, còn lại 7 - 8 KCN đang bỏ trống. Hơn nữa, địa điểm của các KCN hoạt động hiện nay chủ yếu tập trung ở đô thị và ven biển. Trong khi ở vùng cao không có DN nào đầu tư?
Thứ trưởng Bộ GD-ĐT Trần Văn Nhung cho rằng chúng ta đã hiến nhiều vùng đất đồng bằng màu mỡ, thuận lợi phát triển nông nghiệp cho phát triển KCN. Vấn đề ô nhiễm môi trường lại tập trung ở vùng đông dân cư nhất và đối tượng hứng chịu những hậu quả này là những người nghèo, họ không có đủ điều kiện để cải thiện. Tất cả các DN khi xin vào KCN đều có đánh giá tác động môi trường ĐTM, hứa hẹn đầy đủ nhưng ít DN thực thi. Bởi vì, không có sự kiểm tra, giám sát chặt chẽ của địa phương bắt họ phải thực hiện.
Đại tá Phạm Nguyên Dân - Cục KHCN&MT - Bộ Quốc phòng nhận định tất cả các vấn đề môi trường xảy ra hiện nay một phần do quy hoạch quá kém. Ví dụ như việc quy hoạch vịnh Vân Phong có sự mâu thuẫn giữa quy hoạch, mong muốn của địa phương với Trung ương.
Trong bản dự thảo chỉ thị của Ban Bí thư cũng đã nêu: "Lãnh đạo một số cấp ủy, bộ, ngành địa phương trong chỉ đạo điều hành còn "nặng" về các mục tiêu kinh tế, coi "nhẹ" các yêu cầu bảo vệ môi trường".
Đề nghị nâng chế tài xử phạt từ 2 - 5 năm tù
Trước những vấn đề bức xúc nêu trên, Phó Cục trưởng Cục Cảnh sát môi trường Lương Minh Thảo đề xuất tất cả hệ thống chính trị phải vào cuộc, Trung ương phải giải quyết những vấn đề chiến lược từ cơ sở. Các bộ trưởng, thứ trưởng và các cơ quan đầu ngành phải kiên quyết vào cuộc.
Đồng thời, ông Thảo đề nghị nâng chế tài xử phạt các DN vi phạm không xử lý môi trường từ 2 - 5 năm tù, sửa pháp lệnh xử phạt hành chính vi phạm môi trường nghiêm hơn.
Khung hình phạt hành chính cao nhất hiện nay là 70 triệu còn đa phần là 30 - 40 triệu trong khi lãi ròng của các DN này lên tới hàng chục tỷ đồng. Do vậy, số tiền phạt này chưa thấm vào đâu và họ sẵn sàng xả thẳng nước thải ra môi trường.
Liên quan đến vấn đề quy hoạch, Đại tá Phạm Nguyên Dân - Cục KHCN&MT - Bộ Quốc phòng đề nghị việc xây dựng, phê duyệt, quy hoạch phát triển kinh tế xã hội phải tương thích với quy hoạch môi trường, quy hoạch vùng và quy hoạch ngành.
Trước vấn đề biến đổi khí hậu đang diễn ra hiện nay, TS. Nguyễn Hữu Ninh - Ủy ban liên chính phủ về biến đổi khí hậu IPCC đã đề xuất đưa vấn đề biến đổi khí hậu gắn liền với công tác bảo vệ môi trường bổ sung vào Nghị định.
Trong khi đó, theo Thứ trưởng Bộ GD-ĐT Trần Đình Nhung chúng ta nên thành lập Hội đồng tư vấn quốc gia về bảo vệ môi trường. Ngoài ra, đưa hệ thống giáo dục bảo vệ môi trường vào hệ thống giáo dục quốc dân. Hơn nữa, các DN phải đóng lệ phí bảo vệ môi trường, có trách nhiệm bù đắp thiệt hại môi trường đã gây ra và ràng buộc trách nhiệm rõ ràng. 
Ông Nguyễn Bắc Son - Phó Trưởng ban Tuyên giáo Trung ương cho biết tất cả những ý kiến góp ý lần này sẽ chuyển lên Ban Bí thư và đề nghị thành lập Hội đồng Quốc gia tư vấn về môi trường. Sau khi Chỉ thị ra đời, công tác môi trường nói chung và nhiệm vụ bảo vệ môi trường nói riêng sẽ được tiếp tục được quán triệt và triển khai trong toàn hệ thống chính trị, thu hút các tầng lớp nhân dân, doanh nghiệp trong và ngoài nước thực hiện nghiêm túc. 
